Plant RNA Kit, 10 reaktioner

1. Nach der Extraktion keine RNA detektiert?

Falls Sie nach der Extraktion keine RNA detektieren können, kann es sein, dass die RNA zu gering konzentriert ist. Wir empfehlen Ihnen entweder die Menge des Ausgangsmaterials zu erhöhen oder die RNA nach der Extraktion zu fällen. Fällen Sie die RNA mit einer 30:1-Mischung aus absolutem Ethanol und 3M NaAcetat. Resuspendieren Sie die RNA, nach einem Waschschritt mit 70%-igem Ethanol, in 5-10 µl RNase freiem Wasser. Danach sollte Ihre RNA-Konzentration hoch genug sein um detektiert werden zu können.

2. Das RNA-Pellet haftet nicht an der Tube-Oberfläche?

Nach den Zentrifugationsschritten ist es wichtig das RNA-Pellet vollständig zu trocknen. Falls das RNA-Pellet fest an der Tube-Oberfläche haftet, können Sie das Tube invertiert auf ein Papiertuch stellen und einfach trocknen lassen. Manchmal haftet das RNA-Pellet aber nicht fest an der Tube-Oberfläche. Das ist ganz normal und hat keinen Einfluss auf die Qualität Ihrer RNA. Wir empfehlen Ihnen dann die Stelle Ihres RNA-Pellets von außen auf dem Tube zu markieren und erneut zu zentrifugieren (Wichtig: Drehen Sie das Tube so, dass das RNA-Pellet nach oben zeigt). Wir empfehlen wir Ihnen den Überstand mit der kleinsten Pipette abzunehmen. Zusätzlich können Sie das Pellet im Heizblock 15 min bei 37°C trocknen. 

3. Kann ich RNA aus Pflanzensamen, wachsigen Blättern oder Nadeln extrahieren? 

JA! Generell gilt: Jedes Pflanzenmaterial hat individuelle Bestandteile, deshalb kann die Effizienz der RNA-Isolierung variieren. Wir verraten Ihnen worauf Sie grundsätzlich achten müssen:

Homogenisierung 

a. Homogenisierung mit einem Homogenisator: Falls Sie einen Homogenisator besitzen, verwenden Sie 1.4/2.8 mm Keramik-Beads, 2.8 mm Keramik-Beads oder 2.4 mm Metall-Beads (je nach Gerät)

b. Homogenisierung durch klassisches Mörsern: Falls Sie klassisch mörsern möchten, sammeln Sie das Gewebe in einem 1,5 ml Tube (zum Füllen eignet sich am besten eine Pinzette) und gefrieren Sie das Tube mit flüssigem Stickstoff (Tauchen Sie da Tube ebenfalls am besten mit einer Pinzette in den Stickstoff). Zerkleinern Sie das Gewebe anschließend mit Einweg-Pistillen. Wichtig: Die Proben dürfen dabei nicht auftauen! Übertragen Sie bis zu 100 mg gefrorenes, zermahlenes Material in ein neues 1,5 ml Tube und fügen Sie Lysepuffer hinzu. 

Wichtiger Hinweis: Das Material darf vor der Lyse nicht auftauen!

Lyse 

Unser Plant RNA Kit stellt Ihnen zwei chemisch unterschiedliche Lysepuffer zur Verfügung. Wählen Sie den richtigen Lysepuffer für Ihr Pflanzenmaterial:

a. Lysepuffer SM eignet sich für Pflanzengewebe mit hohem Polysaccharidgehalt (z.B. Rübe, Raps, Kartoffel) 
b. Lysepuffer QM eignet sich für phenolhaltige Pflanzengewebe (z.B. Arabidopsis, Rosen, Nadeln d. Fichte, Reis, Zwiebelwurzel) 


RNA-Isolierung

a. Pflanzensamen: Trockene Pflanzensamen empfehlen wir mit Beads aufzuschließen. Bei feuchten Samen können Sie Beads oder Mörser verwenden. Bei Planzensamen empfehlen wir eine RNA-Isolierung mit dem Plant RNA Kit (Lysepuffer QM). Bei sehr fettreichem Gewebe kann es helfen unser RNA Tri-flüssig mit dem Plant RNA Kit zu kombinieren. (Schritt 1: Extraktion mit RNA Tri-flüssig, Schritt 2: Extraktion mit Plant RNA Kit)

b. Nadeln: Hier empfehlen wir den Aufschluss mit Beads und die RNA-Isolierung mit unserem Plant RNA Kit (Lysepuffer QM) oder eine Kombination aus RNA Tri-flüssig und Plant RNA Kit (Schritt 1: Extraktion mit RNA Tri-flüssig, Schritt 2: Extraktion mit Plant RNA Kit).

c. Wachsige Blätter: Auch hier empfehlen wir den Aufschluss mit Beads. Bei wachsigen Blättern empfehlen wir eine RNA-Isolierung mit dem Plant RNA Kit (Lysepuffer QM) oder eine Kombination aus RNA Tri-flüssig und Plant RNA Kit (Schritt 1: Extraktion mit RNA Tri-flüssig, Schritt 2: Extraktion mit Plant RNA Kit).